侵略者ムゲ・ゾルバドス軍の攻撃により、地球は壊滅的な打撃を受けた。だが、ロス・イゴール長官と葉月博士が密かにイーグルファイターら4体の「獣戦機」を完成、藤原忍ら4人を召集し「獣戦機隊」を編成。これに対抗する。
小行星撞击地球,主要大地受到名为「忍」(シノビ)的毒害,形成异形攻击人类,人们只能逃向以前是海底的「海陆」;拯救的方法唯有复活「机神将」(机神将(ギガロード))。约五百年后,亡国「伊势」的公主巫女雨、与拥有人间兵器「柳生」(ヤギュウ)之血的少年周防二人挺身而出……