大明洪武年间，丁武和蒋瑍是锦衣卫内一对亲如兄弟的小旗官，一个家有怀孕的老婆，困于茶米油盐；一个爱上了青楼女子，在平凡的职场中等一个上位的机会。两人奉命调查一桩连环杀人谜案，牵出一起重大贪腐案，紧要关头，线人被杀，线索屡屡中断，锦衣卫内藏有内鬼。丁武压力巨大，开始怀疑自己，也开始怀疑行踪诡秘的兄弟。
明朝天启年间，朝堂党派纷争宦官横行，某日深夜，阉党党羽崔肆暴毙府中离奇死亡，魏忠贤大为震怒，命锦衣卫彻查此事，千户徐攀星指派锦衣卫小旗楚墨督办，始终心怀正义不愿同阉党同流合污的楚墨无奈接受，然而随着案件的深入逐渐牵扯出背后一场的巨大阴谋……
大明宣宗年间，江浙富庶小镇获鹿镇近来连出怪事：百年难遇的大水冲毁镇外石桥；赵阁老孙媳大婚当夜无故失踪；河上惊现无名女尸，镇上谣言四起，人心惶惶。朝廷将这一系列棘手案子交由北镇抚司小旗秦吾卫着手侦破。 秦吾卫在与当地捕头胡松，神秘女子任童童一同查案期间，针对女人的凶案竟依旧频频发生，秦吾卫越深挖案情越觉这一系列罪案，内情吊诡凶险。层层迷雾笼罩之下，真凶何在？造下此般罪孽又意欲何为……