一天晚上，一群工人发现，工厂高层和管理人员在偷偷地变卖自己工厂的机器和原材料，他们迅速意识到这是大规模裁员的第一个信号。他们中的大多数人在单独谈判中拒绝合作，并开始占领工厂。管理层出乎他们意料突然消失，只留给他们一个半空的工厂。随着周围世界和生活的崩塌，新的愿望开始出现。
半空之中，漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙 配音）与多萝茜（佐仓绫音 配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。某天，两人感觉到新病毒的出现，她们赶了过去，结果发现遭到病毒袭击的少女莉莫（花守由美里 配音）。少女失去了记忆，只知晓性命，她说出的第一句话关系着所有人的命运……